Proteinin 3 boyuta katlanmasının bilgisayar ortamında taklit edildiği araştırma, hücredeki mucizevi yaratılışı bir kez daha gözler önüne serdi.
Stanford Üniversitesi fizik kimyageri Vijay Pande?nin yürüttüğü çalışmada, protein katlanmasını simüle edebilecek bir bilgisayar ağı oluşturuldu. Ancak protein katlanmasında gerçekleşen işlemler o kadar fazla ki, bunları başarılı bir şekilde taklit edebilmek için internet gönüllülerine ait tam 30.000 bilgisayar kullanıldı (1). İki yıl boyunca sürdürülen veri toplama işinde bilgisayarlar bir milyon saatten fazla çalıştı (2).
Protein Katlanması ve Mikrosaniye Bariyeri
Proteinlerin yapı taşları aminoasit denen normalden daha küçük moleküllerdir. Aminoasitler 20 farklı çeşitte bulunur. Belli aminoasit türlerinin belli sırayla ucuca eklenmesiyle belli proteinler oluşur. Aminoasitler bir zinciri meydana getiren halkalar gibidir. Ancak ortaya çıkan protein basit bir zincir özelliğinde değildir. Eğer sıralamada en ufak bir hata olursa protein hiçbir işe yaramayacaktır. Hatalı katlanmalar bazen ölümle sonuçlanabilecek hastalıklara sebep olur.
Bu tür hastalıkları önlemeye çalışan bilim adamları için öncelikle protein katlanmasının detaylarını öğrenmek önem taşıyor. Ancak, son derece hızlı bu işlemin labarotuvar ortamında verimli şekilde izlenme şansı bulunmuyor. Çünkü protein katlanması, süre olarak saniyenin milyonda birinde gerçekleşiyor. Bilim adamları bu engeli “Mikrosaniye bariyeri” olarak adlandırıyor.
“Protein katlanmasını simüle etmeyi bu kadar zor kılan faktörlerden birisi, olağanüstü hızlı gerçekleşmesi” diyor Pande.
Basit bir protein hücreleremizde hızla ve kolaylıkla üretilebildiği halde, aynı işlemi sanal olarak bir bilgisayarın gerçekleştirmesi çok daha uzun sürüyor. Hatta bilgisayar, hücreden milyarlarca defa daha ağır kalıyor. Pande bu farkın altını şöyle çiziyor:
“Proteinlerin saniyenin milyonda biri gibi zaman dilimlerinde katlandığı bilinmektedir, ancak ortalama bir bilgisayarın saniyenin milyarda biri kadar sürecek bir protein katlanması simülasyonunu tamamlaması bir tam gününü alır”.
Pande ve çalışma arkadaşları inceledikleri proteinin, yalnızca 8 mikrosaniye yani saniyenin milyonda 8 i kadar bir sürede katlandığını ortaya çıkardılar.
Protein katlanması bir mimari projeye benzetilebilir. Proteinin hangi aminoasit dizilimine sahip olacağının bilgisi DNA'da kodlanmıştır. Böylece DNA'yı bu projenin planına benzetmek mümkündür. Hücrelerimizde meydana gelen bu süper hızlı işlemin her aşamasında DNA'daki bilgi ‘okunur’ ve uygulanır. Böylece mimari proje hatasız olarak tamamlanır.
Bu durumda apaçık bir gerçekle yüzyüze kalırız: Şuursuz atomları üstün Akıl sahibi Rabbimiz her an yönetmektedir. Allah, sonsuz Akıl sahibidir ve ilmiyle herşeyi kuşatmıştır. Dev galaksilerden mikroskobik moleküllere kadar herşey O’nun kontrolü altındadır. Rabbimiz Kuran'da şöyle buyurur:
"Allah, yedi göğü ve yerden de onların benzerini yarattı. Emir, bunların arasında durmadan iner; sizin gerçekten Allah'ın her şeye güç yetirdiğini ve gerçekten Allah'ın ilmiyle her şeyi kuşattığını bilmeniz, öğrenmeniz için. (Talak Suresi, 12)
"Göklerde ve yerde zerre ağırlığınca hiç bir şey O'ndan uzak (saklı) kalmaz. Bundan daha küçük olanı da, daha büyük olanı da, istisnasız, mutlaka apaçık bir kitapta (yazılı)dır.(Sebe Suresi, 3)
