Sandboxie, şüphe duyduğun programları bilgisayarında oluşturduğu izole edilmiş boşluklarda çalıştırarak, ilgili programların bilgisayarında ve işletim sisteminde kalıcı değişiklikler yapmasına izin vermez. Program belirlediğin bir klasörü sanal registry ve sanal disk olarak kullanır. Sistemine kurduğun ya da denediğin programlar sistemce okunur ama yazılamaz. Yazdığını sansa bile bunu sanal diske yazar. Bu sanal diskin kontrolü senin elinde olacağından, istediğin gibi temizleyebilirsin. Böylece hem zarar veremez hem de kontrol senin elinde olur.